据中国文物报：2012年陕西省考古研究院在陕北神木石峁调查发掘，发现面积大约400万平方米的石城址，尚未进行系统的发掘而将之先定为一座大城，且年代上限被视为距今4000年左右。不过，在发掘方举办的专家座谈会上，有考古学家提出了不同的想法。例如高蒙河先生认为：在这400万平方米的面积中，可能含有时代早晚不同的工程，恐怕不宜视为同一个时期建筑的大城。另有几位学者对此城的功能亦提出了疑问，认为不像是大型聚落，应该加以研究，并从不同的角度讨论石峁的工事。李水城先生指出：“这个地区支离破碎的地形地貌会不会当初就是这个样子，这是下一步需要考虑的问题，因为这关系到我们对遗址功能的判断。我们上次在神木两河流域调查的时候发现一个规律，凡是龙山到夏代的遗址都在山头上。到今天为止在山上生活非常不方便，有的遗址相对高差100多米，取水尤其不便。当时的人为什么选择这样的地点来构筑他们的聚落？”4000年前河套地区地形地貌显然不会比现在更平缓，黄河北游自古以来便是支离破碎的地形，不符合先民长期定居的生活。因此，李水城先生所提出的问题颇有道理：如果没有可长期定居的生活条件，如何会形成大型聚落之城？
高大伦先生进一步质疑石峁城是否具有聚落的功能，“石峁城里面沟壑纵横，似乎并不适宜居住，这个城是否也是一种特殊时期的建筑，比如战争时期的短期防御场所？”曹建恩先生将石峁城址与内蒙古军城比较，认为内蒙和陕北文化类型是一致的，并强调本地带防守技术续用到汉代，或可视为长城的萌芽。刘斌先生同意此观点，石峁石墙顺着山势修建，“对它的研究不能套用几层城圈中间是宫殿这样的观念。石峁城沿着山脊线修得很像长城，除了防御，作为通道也是很重要的。”
