当然，科举、祭孔、祭朱这些低调、温和且浩大的改革，在清政权内部也遭到既得利益集团的反对。
顺治皇帝14岁亲政不久，将已经去世的多尔衮批倒批臭，一些满人贵族乘机要求恢复祖制，但被顺治坚决顶住。在与范文程讨论历代帝王的历史地位时，顺治通过对朱元璋的高度评价，表明自己推行所谓“汉制”的决心：“朕以为历代贤君莫如洪武。何也？洪武所定条例章程，规划周祥。朕所以谓历代之君不及洪武也。”
但是，以济尔哈朗为首的辅政四大臣极为保守，担心“渐习汉俗”会损害大清的整体利益，推行“率复祖制，咸复旧章”，要求回到“淳朴旧制”中去，撤销翰林院，废除八股科举取士制度，并罢黜、放逐，乃至处决了一些主张改革的官员。
顺治帝最后不得不做出一些让步，比如遵守入关前约定，给八旗有功将士配备奴隶。但是也采取了一些渐进的改革，约束八旗的“淳朴旧制”，如采用“编审人丁”的办法，对全国进行人口普查，编列户口册，这既为国家征收赋税做准备，也将平民的身份确认清楚，避免他们被逼勒为奴。康熙继位之后，守旧的势力曾一度坐大，而在康熙亲政之后，终于完成了多尔衮、顺治推行的“汉制”工作，并且以其雄才大略，实行得更为游刃有余。科举方面，康熙创造性地开设了“博学鸿儒科”，将科举的“统战”功能发挥到了极限，成功地瓦解了最后一批明朝遗民的对抗心理；祭孔方面，康熙是第一个亲临曲阜祭祀的清代帝王，也是第一个给孔子行三跪九叩大礼的帝王；祭朱方面，康熙也开启了清代帝王亲临明孝陵祭奠的先河。
在科举、祭孔、祭朱这三大举措中，通过科举扩大执政基础是中心。
科举制度超越了种族、门第、血缘，而构建了精英阶层乃至全社会的统一信仰、统一文化，这对整合社会各个阶层，维护大一统的国家稳定，有着关键的政治作用。这一制度在官、民两极化社会中，制造了新等级——“士人”或者“士绅”，起到承上启下、维持政权和社会整合的作用，成为社会的平衡器。这个阶层进则为官、退则为绅，有效地整合、协调着上、中、下三个阶层的利益。这对于大清来说更有现实意义，能有效地规避其先天带来的民族问题，用以平衡其远较之前任何汉族政权都更为复杂的官民关系。
