Phillip. L. Manning等人为了研究始祖鸟属羽毛化石保存的潜在的原来的色素沉着(original pigmentation)对三个重要的始祖鸟属化石标本进行了非破坏性的化学分析,利用同步快速扫描X射线荧光(SRS-XRF)地图结合硫X射线吸收近边结构(XANES)光谱,提供了第一个整个化石的有机硫的分布地图,并且表明始祖鸟属羽毛化石的有机衍生的内源性化合物存在。始祖鸟属羽毛化石的微量金属和有机硫的分布强烈地表明,羽毛化石保存了内源性黑色素的遗迹。
Phillip. L. Manning等人认为根据微量金属和有机硫的分布进行预测的完整羽毛的色素模式显示始祖鸟的羽毛并不是之前认为的是全黑色的,而是羽毛末端和外侧羽片(outer vanes)比内侧羽片(inner vanes)的色素更重。
Phillip. L. Manning等人因此推测始祖鸟属的羽毛只在末端和外侧羽片成黑色,内侧羽片的色彩十分浅淡,表明原始鸟类的羽毛已具有复杂的图案,并且可能影响早期羽毛的结构和力学性能的演化方向