哥伦布登上另一艘船「妮娜号」继续沿着伊斯帕尼奥拉岛的北岸行驶,直到翌年1月6日跟「平塔号」相遇会合。1493年初哥伦布作了首航美洲的最后一次停靠。他们在山美纳半岛登陆,遇到了到达美洲以来第一次敌意的对待。哥伦布因此将这次跟不友善的印第安人相遇的地方叫做「箭头湾」。之后,船队即返航西班牙。
过去500年来,无人知道「圣玛丽号」沈没后的下落。由现代探险家克里佛(Barry Clifford)率领的探险队,最近在海地北岸对开发现一艘古船残骸, 他相信这就是「圣玛丽号」。
克里佛德接受有线电视「历史频道」(History Channel)访问时说:「所有地理、海底地形和考古资料,都提供强烈的证据,证明那是『圣玛丽号』的残骸。」