历经4000余年的沧桑,二里头遗址区内的文化遗存曾遭受不同程度的破坏。因此,长期以来,各级政府非常重视二里头遗址的保护,在城市规划和项目建设中优先考虑重要遗迹的保护。
2002年,偃师市政府针对二里头遗址保护下发文件,避免了村落的发展对遗址造成影响。2005年,偃师市政府投资60万元,规划建设了二里头“华夏第一王都”文化广场,
2006年,国务院公布的《国家“十一五”文化发展纲要》将二里头遗址确定为全国大遗址保护的重大项目和重要工程,开始大遗址保护工作。同年6月,《河南偃师二里头遗址保护规划》方案通过了由国家文物局组织的专家组审议。
2009年7月,《洛阳市偃师二里头遗址和尸乡沟商城遗址保护条例》颁布,这也是我省首次立法开始保护二里头遗址。
除历史上自然形成的村庄、道路外,目前遗址的重点保护区范围内大部分为农田和绿地,地表上保持了遗址原有的环境和历史风貌,保证了遗址的完整性与真实性。