后来,从2001年晚期开始,一直到2003年,又爆发了一系列各自独立的小规模疫情,这一次还是伊波拉,不是马堡,受害者是加彭和刚果共和国(都位于刚果民主共和国以西,刚果河的另一边)边境密林地带的村民。大约有300人受到感染;几乎80%丧生。与此同时,同一地区也发现大猩猩、黑猩猩和遁羚(小型森林羚羊)的尸体。每次在人类身上爆发的疫情,似乎都是从一个不幸曾接触过兽尸的人开始,通常是猎人。
「有人类死亡,也有不同的动物死亡,」雅努兹.帕威斯卡这么说。帕威斯卡接替了史汪尼普,如今是国立传染病研究所特殊病原体小组的主管。 「所以当时我们认为,这是搜寻伊波拉带病原的好时机。」史汪尼普找来了帕威斯卡与其他人,并安排与艾瑞克.里洛伊合作的考察,里洛伊是驻在加彭的法国病毒学家,曾在当地爆发伊波拉疫情时参与应变。前往田野调查以前,史汪尼普与里洛伊先在加彭首都自由市会面。
「我将蝙蝠跟伊波拉与马堡病毒关系的历史详细地跟他说了一番,」史汪尼普对我说。他告诉里洛伊,他的团队在杜尔拜地底下的蝙蝠身上以及其他地方找到了马堡病毒的碎片。史汪尼普带了捕捉鼠类的陷阱、雾网以及其他采集用具前往加彭。他回忆:「虽然我念兹在兹的是蝙蝠,我还是告诉大家我们必须多方采集。」这包括了各式各样的哺乳动物、鸟类、蚊子、蠓和其他昆虫。史汪尼普的团队将三分之一的样本带回南非,三分之一寄到亚特兰大的美国疾病控制与预防中心,剩下的三分之一则留给里洛伊检验。在史汪尼普的实验室和美国疾病控制与预防中心,由于还有许多其他计画在进行,这些样本的处理进度很缓慢,而且没有获得任何呈阳性的伊波拉病毒检验结果。
里洛伊的团队则又回到现场。他们后来到边境做了三次田野调查,捕捉了超过1000只动物并从它们身上取样,其中包括679只蝙蝠,在当时,里洛伊也已经把焦点放在蝙蝠身上了。他们在其中16只分属三种果蝠的蝙蝠身上找到伊波拉病毒的抗体,也就是免疫系统所集结起来的蛋白质。在另外13只果蝠身
上,他们侦测到非常短的伊波拉核糖核酸片段。有一点很重要的是,抗体及病毒片段这两种证据,就像是在雪地里发现传说中的雪人脚印一样。可能真有其事,也可能子虚乌有。比较高标准的证据是分离出活病毒――也就是从组织样本培养出具感染性的新鲜伊波拉病毒,那就好像在陷阱里发现被夹住的真正的雪人脚,还连在真正的雪人身上一样。里洛伊的团队并没有成功从样本中培养出活病毒。不过2005年,《自然》期刊仍然刊登了一篇关于这些研究结果的论文,作者是里洛伊,史汪尼普及帕威斯卡也挂名为共同作者,文章标题为〈果蝠作为伊波拉病毒的带病原宿主〉。这篇论文虽然用词谨慎且未下定论,却成为去年大众传媒上那些草率而过度肯定的言论主要的来源,根据这些说法,伊波拉病毒就寄宿在果蝠体内。