此后，研究人员又收集了来自欧洲、非洲、亚洲（尤其是东亚地区）的1500多只狗和40只狼的线粒体DNA，同时测定了8只狼和169只狗几乎完整的线粒体基因组序列，从DNA片段上升到基因组层面证明狗起源于中国南方的灰狼。
但是，对此结论也有相当多的质疑，其中最大的质疑是，仅凭线粒体DNA研究和比对不足以得出确切的结论，因为线粒体DNA只反映母系遗传。
为此，中瑞研究人员又进行了新的研究，在2011年11月的《遗传》杂志上发表了从父系染色体来证明狗起源于中国南方的研究结果。张亚平、萨沃莱南等人对来自全球范围的151只雄性家犬、10只狼以及2只土狼的14000个Y染色体碱基对进行测序对比，这些基因涉及26个Y染色体特异区段，结果发现这些DNA序列中有五十多处差异，而且全球的家犬共享约50%的基因，但是中国长江以南地区的家犬具有最高的遗传多样性，并涵盖了所有的主体单倍型，提示其他地区家犬的基因库都源自该地区。
这151只家犬来源于13-24个灰狼父系，因此从父系遗传的角度证明了研究人员之前从母系线粒体DNA遗传得出的结论，即世界各地的家犬都主要起源于中国长江以南地区的灰狼。
三种假说各有所短
显而易见，狗起源于欧洲、中东或东亚（中国）的三种假说都有各自的证据和理由，但也都存在一些尚不能自圆其说的问题，因此这三种假说未必都能得到广泛认同。
欧洲起源说的问题在于，研究人员只是检测了狼和狗的线粒体DNA，并没有进行细胞核DNA的测序和比对，也没有进行Y染色体DNA的测序和比对，同时研究人员没有比对来自中东或中国的狼和狗的DNA，因此，他们的研究从严格意义上来说并不全面，因此缺少足够的说服力。该项研究的主要研究者塞尔曼也承认，他们的研究并不意味着欧洲是狗最早出现的唯一地区，只是欧洲在狗的驯化过程中起到了重要作用。
中东起源说的弱点在于，狗的化石出现的时间与新石器革命（农业革命）的时间不符。农业革命是指人类从旧石器时代转向制造和使用磨制石器、发明陶器、诞生了农业和养畜业。因为该研究认为，狼被驯化是因为演化出了消化淀粉的基因。而且，狼是在与人类接触之后，在长达几个世纪食用人类富含淀粉的食品才演化出了消化淀粉的基因。但是，该研究采用的家狗化石样本存在的时间至少要比农业革命的时间早几千年，再加上驯化的时间长度，表明狗的驯化在农业革命之前很早就发生了。这并不符合该研究提出的人们在农业革命之时和之后用淀粉类食物喂养野狼才将其驯化为狗的结论。
