相比之下，考古学家发现的大部分沉船保存状态就糟糕很多。不过，如今潜水和声呐技术的发展正给予考古学家越来越多的希望。詹姆斯·德尔加多说，先进的探测技术可以使研究者发现海底十分不明显的沉船遗迹。在世界各地的海洋中，散布着无数沉船的遗存。以下便是水下考古学家梦寐以求，试图有所发现的几个与沉船有关的谜题。
大洋洲
南太平洋中大洋洲的殖民过程，是人类迁移史上最伟大的故事之一。早期人类如波利尼西亚人能够在开阔大洋上航行成千上万公里。他们还携带着美味的食物原料，如非常容易受到盐分影响的芋头。詹姆斯·德尔加多说，如果能发现一艘他们的船只，将为考古学家了解数万年前人类如何到达澳大利亚提供最后一块拼图，“他们并不是简单地坐在独木舟上，然后划桨到达那里的。”
米诺斯文明
这张米诺斯壁画描述的是一艘停泊在港口里的船德克萨斯州A&M大学的航海考古学家雪莱·瓦赫斯曼(Shelley Wachsmann)说，如果能发现米诺斯文明的沉船，将是非常重要的发现。米诺斯是爱琴海地区的古代文明，主要集中于克里特岛。在4700年到3500年之间，米诺斯的船只在地中海定期往返。考古学家已经发现了其中一条船遗留下的货物，但并没有发现船体。
研究者对这个航海文明的了解非常有限。“他们似乎是铜器时代最伟大的探险者，” 雪莱·瓦赫斯曼说道。在地中海沿岸许多地方的绘画和壁画中，都可以发现米诺斯文明留下的印记。
