谋杀嘉靖事败之后，方皇后命令内监张佐等人逮捕共谋的宫人，结果查出王宁嫔是首谋，虽然曹端妃没有亲自参加这次行动，但据张佐报告，她事先知道这项阴谋而不报，方皇后趁嘉靖仍然病悸得不能说话的时候，代传圣旨，把曹端妃、王宁嫔以及杨金英一伙共十六人全部抓起并凌迟处死，而且诛杀她们的亲属十余人。
事情过后很久，嘉靖最后得知，原来他的丽人曹端妃(已经为嘉靖生了第一个女儿)，其实并不知道这项谋杀皇帝的阴谋，但是嘉靖倍加宠爱的“娥眉”曹端妃已经血洒苍梧，再也不能复活。
方皇后被活活烧死
尽管祸机已过，嘉靖对方皇后处置曹端妃事件或许仍然存有几分疑惑和不满。根据明朝进士何乔远所写的《十三朝遗史》记载，方皇后是死于1548年腊月的西宫大火，当熊熊的烈焰正在吞食方皇后的宫寝时，有一位像热锅上的蚂蚁的太监催促嘉靖派人进屋去营救方皇后，可是在惊喧之际，嘉靖竟然沉吟不发一语，让金枝玉叶的方皇后被活活烧成灰烬!事后嘉靖才慢条斯理地喃喃说道：“后救我，而我不能救后。”
方皇后虽然救过嘉靖一命，却惨遭火烧而死。嘉靖不去施救，跟方皇后在救了嘉靖后的自作主张有重大关系。
虽贵为皇后，也难免悲惨的结局
