国民党中央行政秘书长翁文灏也开始积极协调将“头盖骨”运送至纽约自然历史博物馆暂存。1941年1月10日,翁文灏和尹赞勋致信给协和医学院院长胡顿、新生代研究室名誉主任魏敦瑞,“鉴于美日关系日趋紧张,美国正与中国站在一条战线共同抗日,我们不得不考虑在北平新生代研究室的科学标本安全问题。我们准备同意将它们用船运往美国,委托某个学术研究机关在中国抗战期间替我们暂为保管。”
同时,翁文灏还直接写信给美驻华大使詹森阐明自己希望转移“头盖骨”的意思。但是,根据先前达成的协议,得到洛克菲勒基金会资助的周口店发掘工作,其发掘出的实物必须留在中国,不得出口。美国方面婉言拒绝。
翁文灏等中方人员的努力依然没有停止,他们一再申请,美方官员和科学家一再婉拒,往来切磋数月时间。1941年11月,经翁文灏的一再协调,最后又经过蒋介石点头,重庆国民党政府才明确表态,允诺“头盖骨”出境。在翁文灏的一再恳请和调停下,美国方面终于同意了头盖骨由领事馆安排、由美国人带出中国,暂存纽约的美国自然历史博物馆。
据公布的档案资料记载,“头盖骨”转移行动按计划开始,由美国海军陆战队护卫,乘北平到秦皇岛的专列到达秦皇岛港,在那里登船,船名“哈德逊总统号”,预定12月8日抵秦皇岛。8日上午,列车抵达秦皇岛。此时,日本对珍珠港的空袭已经开始,随即,驻在秦皇岛山海关一带的日军突然行动袭击美军,美海军陆战队的列车和军事人员包括美在秦皇岛的霍尔姆斯兵营的人员顷刻成为日军的俘虏,包括“北京人”在内的物资和行李当然成为日军的战利品,从此不见踪影……
猜测
“北京人头盖骨”化石到底在哪里?自从1941年太平洋战争爆发,“北京人头盖骨”化石不知所踪后,这个谜就一直在破解之中,但到现在都未能如愿。1998年,包括有“北京人”之父之称的贾兰坡院士在内,14名中国科学院资深院士发起的"世纪末大寻找"同样无果而终。