蛋壳厚度是影响孵化率的又一重要因素。同类蛋的蛋壳厚度一般都有一定的变化范围,如短圆蛋的蛋壳厚度较大,大约为2毫米。但是莱阳发现的短圆蛋中,出土于下部层位的蛋壳厚度大,上部层位的蛋壳厚度明显减小。而长形蛋的平均蛋壳厚度是0.9到2.0毫米,比短圆蛋薄。蛋壳过薄或过厚都不利于孵化。现有资料表明,在地层中随着层位自下而上恐龙蛋蛋壳逐渐变薄的现象不仅见于莱阳,也见于我国其他地区和欧洲。有一些蛋壳薄得不到1毫米,尤其是晚白垩世晚期薄壳蛋更是多见。这样的蛋很难保证正常的孵化。因此,到了晚白垩世晚期恐龙绝灭之时大量的恐龙蛋没有孵化是可以肯定的。
蛋的内部品质对孵化率也有重要影响,大多数爬行动物繁殖上与鸟不同,父母不能主动地用自己的体温来孵卵,而是主要依赖于太阳所提供的热能,其孵化过程还要受到温度和湿度等环境因素的影响。根据原生层位恐龙蛋化石埋藏情况看,当时在恐龙蛋被产出之后,地层一般均接受了连续的沉积而没有见到后期搅动和搬运的痕迹,这样的迹象表明恐龙产蛋后很可能像鳄鱼等爬行动物那样用周围的沙土把蛋覆盖好,保持其免受污染或侵害,然后只能任凭环境的控制使但进入孵化阶段。根据对山东莱阳恐龙蛋进行的CT扫描的观察,似乎看不到气室的存在。气室的存在及大小可以表明产蛋时间的长短。没有气室的蛋化石说明这些蛋产下不久就停止了孵化过程而死亡了,然后即进入了变成化石的石化阶段。
所有上述现象均表明,晚白垩世晚期的恐龙在蛋的孵化中发生了严重的问题,因而造成了恐龙繁殖受挫。这些恐龙蛋的研究者据此认为,这种繁殖受挫很可能是恐龙灭绝的根本原因。