翻过蒙古高原,闯入了陌生的巴丹吉林沙漠。科兹洛夫的远征队驱赶着骆驼行进在茫茫沙海中,半个多月过去了,饥饿、干渴、疲劳、疾病、蒙古向导的逃离,曾使得这支远征队濒临死亡的边缘,但他们最终找到了梦幻般的黑水城,看着黑水城的残垣断瓦、气势依旧的城墙,科兹洛夫后来说:“我永远不会忘记那一刻欣喜若狂的心情……”
进城后,从4月1日到13日,科兹洛夫和下人在城内的官衙、民居、寺庙、佛塔遗址到处乱挖乱掘,在城西南的一座佛塔中就挖出了3本西夏文书本和30本西夏文小册子,佛塑、麻布和绢质佛画、钱币、金属碗、妇女饰物、日用器具、佛事用品以及波斯文残卷、伊斯兰教写经和西夏文抄本残卷等物品,一下子装满了10个大箱子。这批文物在王爷的帮助下,立即通过蒙古邮驿分批经由库伦运往俄京圣彼得堡,科兹洛夫也离开了黑水城。
当这批文物被运到俄罗斯,文物中那些没有人认识的文字和造型独特的佛像震惊了圣彼得堡。俄国地理学会副会长格利戈利耶夫立即通知科兹洛夫,探险队取消深入四川考察的计划,立即重返大漠黑城,不惜一切代价,集中人力、物力和时间再次探寻发掘。
6月4日的一个早晨,仅用了9天时间就从青海重返黑水城的科兹洛夫,对黑水城展开了一次更大规模的挖掘。他们在城内西墙一栋大屋遗址旁扎起了营帐,雇用了当地人给他们运水、运粮和挖掘土方。科兹洛夫把他的手下人分成两组,从城内到城外的远近荒漠、残垣断垒中搜索探察。科兹洛夫亲眼看到一年以前他们挖掘的地方,还保持原样;他们当作废物扔掉的东西,也依然无人动过。天气渐渐热了起来,白天地面气温被太阳烤灼,高达60摄氏度以上,热浪扬起的尘土令人窒息。他们就得早晚干活。尽管日有所获,但已不能满足科兹洛夫已增长的贪婪欲望。他们翻遍了黑水城东街、正街两侧的店铺作坊,挖掘了总管府和全部佛寺遗址。由于收获不大,科兹洛夫便将目光投向了城外。一座距古城西墙约400米、位于干河床右岸的大佛塔,成为了他首先猎取的目标。当这座佛塔被打开后,奇迹出现了:塔内堆满了大量的文物和文献,精美的墙画,无数的经史子集,科兹洛夫简直不敢相信自己的眼睛,因为展现在他面前的简直就是一座无法用金银财宝去衡量的历史博物馆。他惊骇地张大了嘴巴,惊呼“伟大的塔”。自从发现了这座“伟大的塔”后,尝到甜头的科兹洛夫的挖掘行为变得更加野蛮,几乎是见塔就挖,30多座佛塔塔身和塔基都被一一刨开,围绕着黑水城的近千年的佛塔80%就这样在一个考古强盗手中毁于一旦。