清政府令袁世凯和汪凤藻在汉城和东京同时展开撤兵交涉,但日本志不在此。伊藤博文面对汪凤藻的质问,一边称派兵稍多是因道远接应难,一边透露留兵代议善后之意,又答应乱定两国撤兵。清政府提出全罗道已克复,希望照约撤兵,伊藤等却声称大鸟并无相应电报。也就是说,朝乱平定与否,朝中两方的声明均不足为据,需完全以日方驻朝代表的报告为准。
其实,6月14、15日,日本在骑虎难下的情况下召开内阁会议,确定了以不撤兵和共同改革朝鲜内政为基干的新的挑衅政策,以窘中国。日本外务省于15日午后致电大鸟,令无论如何不可撤退驻军,并令立即派遣使领馆人员赴暴动地方调查实况。而调查务令缓慢,且必须作成与和平状态相反的报告。
陆奥宗光曾公然表示,所谓改革朝鲜内政不过是用来促成中日冲突的外交上的一种手段而已。日本提出的改革朝鲜内政案即“陆奥三条”,包括:一、日军与清军会剿朝乱;二、两国派员改革朝政及税务;三、两国派员教练朝军,使其能自我靖乱。陆奥三条均已超出条约范围。为此,清政府照会日本,中日《天津条约》规定乱定撤兵,朝鲜政府已告知不烦中国军队助剿,自然不存在两国会剿之说。中国不干预朝鲜内政,日韩条约又承认朝鲜自主,尤其没有干预内政之权。因此,“均难于约外另商办法”。
中国发出照会当天,日本内阁在首相官邸举行临时会议,次日举行御前会议,决定向中国提出拒绝书。内称,中国不同意日本会剿及办理善后,日本“不能同见”。日本的基本立场是“不能撤兵”,“断不能撤”。陆奥自称这是日本政府对于中国政府的“第一次绝交书”。日本提出第一次绝交书后,召开御前会议决定,按照当时形势,战争已不可避免。然而采取何种手段做成开战口实,又不负开战责任,尚需考虑。日本拟仍以改革朝鲜内政为借口激起中日冲突。