政变的主谋不是别人，正是隋炀帝宠臣宇文述的两个儿子宇文智及、宇文化及和禁卫军首领司马德戡。为赢得禁卫军的支持，他们几个人先散布谣言，称隋炀帝正酿造毒酒，以杀光那些企图叛乱的亲兵而重用南方兵士，以绝北返之望。禁卫军听后大为惊骇，之后互相转告，决心豁出去造反。政变当日，禁卫军内引外联，隋炀帝未经抵抗即沦为阶下之囚。
被抓后，隋炀帝苦着脸问：“我有何罪，落到今天这个地步！”叛将马文举听后厉声训斥道：“陛下违弃宗庙，四处巡游不息，对外频加征讨，在内奢侈荒淫，万千丁壮死于刀刃，老弱妇女填于沟壑，四方百姓无以为生，盗贼蜂起，还重用那些逢迎拍马之徒，文过饰非，忠以谏死，还敢说自己无罪吗？”
隋炀帝被驳得哑口无言，只好叹气说：“是，我对不起天下百姓，但你们这些人跟着我享尽荣华富贵，有什么资格来教训我呢？试问今日之事，以谁为首？”司马德戡哼了一声，应声道：“陛下多行不义，普天同怨，反对你的何止一人？如今天下大乱，陛下欲归无路，臣等亦求生无门。唯愿借陛下之首以谢天下。”
紧张的气氛之下，隋炀帝的小儿子、十三岁的赵王杨杲被吓得号啕大哭，叛兵嫌恶之余，将之一刀砍死，鲜血溅了隋炀帝一身。此情此景，隋炀帝自知难免一死，只得对叛将们说：“天子自有死法，不得加以锋刃，取毒酒来吧！”众将不许。隋炀帝无奈，只好解下佩戴的白色丝巾交给叛兵，将自己绞死了事。不过，不愿做隋炀帝殉葬品的宇文化及等人也没有好下场，其部在北返山东时被河北义军窦建德击溃，宇文化及及两子均被斩首。
数葬其身，萧条以终
据历史记载，隋炀帝被杀后，“萧后与宫人撤漆床板为小棺，殡於西院流珠堂内”。之后，萧后带幼孙及皇室诸女随宇文化及部北上，不久又被窦建德俘获。不知什么原因，窦建德并未将其杀死，而是由义成公主迎至东突厥。贞观四年（630年），东突厥被唐军所灭，萧后等回归长安，得以善终。
