不料，还没有等何进下手，便走漏了风声，宦官张让等人先下手为强，设计将何进杀死。何进的下属将领袁绍等人见何进被杀，率军闯宫报仇，大开杀戒，见到宦官就杀，两千多名宦官死在血泊中。张让、段圭等人见势不妙，劫持刘辩、刘协逃离皇宫。不久，张让、段圭被卢植追兵斩杀，其余的宦官投河自尽。期间，刘辩缺衣少食，风餐露宿，吃了不少苦头，而最大的厄运却是遇到了董卓。
董卓虽然一介武夫，性格粗野，但颇具敏锐嗅觉和投机意识。董卓是何进请来诛杀宦官势力的帮手，途中听说宫中有变，刘辩被劫，立马前去迎驾，想以此捞取日后立足朝廷的政治资本。颠沛流离中，刘辩不知董卓率军前来之意，内心恐惧，吓的哭泣流泪，与董卓对话也磕磕绊绊，语无伦次，倒是刘协神色从容，对答如流，对宫变经过无一丝遗漏。董卓此时已有了废掉刘辩而立刘协的念头。
回宫后，刘辩大赦天下，改元“昭宁”，取光明、安定之意，但这无法阻挡董卓乱政的步伐。董卓在成功收编了何进的部将兵力后，与其原先的西凉兵合为一处，实力大增，尤其是在杀掉丁原，得到万夫不当的大将吕布后，更是不可一世，内心变得更加强大。刘辩改元后的第三天，董卓主持群臣大会，申明刘辩年幼愚昧，不配当一国之君，接着逼迫何太后下诏书废刘辩为弘农王，另立刘协为皇帝。
废刘辩，立刘协，董卓之所以有此废立之举，笔者认为原因有三。其一，刘辩“天姿轻佻，威仪不恪”，给董卓的第一印象非常差;其二，董卓与董太后同姓，刘协是董太后所养，董卓认为刘协是本家，且刘协时年九岁，比刘辩小，更容易控制;其三，董卓初入宫廷，根基不深，群臣不服，通过废立皇帝提高自己的威望。刘辩被废后，北面称臣，“太后鲠涕，群臣含悲，莫敢言者”(《资治通鉴》)。
董卓擅自废立，祸国乱政，加之其恣意妄为，引发“豪杰多欲起兵讨卓者”《资治通鉴》。因担心群雄以迎废帝刘辩复位为名讨伐自己，董卓决定将刘辩害死。初平元年(190年)正月，董卓派人进献毒酒给刘辩，并逼迫他喝下去。刘辩自知难逃此劫，含泪“与妻唐姬及宫人饮宴别”《后汉书》，上演了一出“弘农别姬”。这位曾经名义上是东汉帝国最高首脑的废帝最终死于非命，时年十五岁。
以什么规格为刘辩下葬是个问题，刘协虽念及手足之情，但难免要看董卓脸色;再者，刘协和刘辩还有一些历史过节。当年，王美人怀刘协时，何皇后为保儿子刘辩的地位，曾逼迫王美人堕胎，王美人“畏后，乃服药欲除之(刘协)，而胎安不动”，幸亏胎气异常稳固，刘协才得以出生见天日。后来，王美人生下刘协后，气急败坏的何氏“遂鸩杀美人”(《后汉书》)，致使刘协自幼无母。
