短暂的同事经历后,苏轼于1066年父丧后回乡两年多,等他再返回京城时,就与沈括走上了不同的政治道路。宋神宗熙宁二年(1069)王安石被任命为宰相,进行了激进的改革。沈括受到王安石的信任和器重,担任过管理全国财政的最高长官三司使等许多重要职务。苏轼却与王安石意见相左,他与故父苏洵、保守党领袖司马光等人一起,组成著名的反对派。
由于获得了皇上的信任,王安石改革无人可挡。公元1071年,作为反对派代表,苏轼被下放到杭州任通判一职。当时苏轼已经在文学方面很出名了,连皇帝祖母曹太后都很欣赏。沈括作为“中央督察”到杭州检查浙江农田水利建设,临行前神宗告诉沈括:“苏东坡在杭州,你遇到他应该亲切接待。”
等到了杭州,虽然政见不同,苏轼还是把沈括当老同事、好朋友。年长的沈括表面上也该相当和善吧,与苏轼论旧,把他的新作抄录了一通。但回到京城后,他立即用附笺的方式,把认为是诽谤朝廷的诗句一一加以详细的“注释”,指出这些诗句如何居心叵测,反对改革,讽刺圣上等,然后交给了皇帝。
人们不禁要问,沈括与苏轼曾是同事、朋友,且不是对手、政敌,为什么要陷害他呢?余秋雨在《东坡突围》中说:“这大概与皇帝在沈括面前说过东坡的好话有关,沈括心中产生了一种默默的对比,不想让苏东坡的文化地位高于自己。另一种可能是他深知王安石与苏东坡政见不同,他投注投到了王安石一边。但王安石毕竟也是一个讲究人品的文化大师,重视过沈括,但最终却得出这是一个不可亲近的小人的结论。”嫉妒心理作祟,以及政见相左、仕途求荣,是沈括的几大动机。沈括的理性求实精神,到了政治生活中却消失了。
不久,苏轼因为在诗文中“愚弄朝廷”、“谤讪新政”、“无君臣之义”而被下狱,险些丧命。例如苏轼歌咏桧树的两句:“根到九泉无曲处,世间唯有蜇龙知。”沈括认为:“皇帝如飞龙在天,苏轼却要向九泉之下寻蜇龙,不臣莫过于此!”这就是中国文字狱历史上著名的“乌台(即御史台)诗案”,涉及苏轼100多首诗词,牵连其30多位亲友,甚至包括宰相司马光。