作为孑孓时的蚊子，在全球水生生态系统的构成了大量生物量。从季节性积水塘到树洞，
再到旧轮胎里的积水，孑孓在各种各样的水体中大量生存。而在洪泛平原上，孑孓的密度更是高到连水面上都会因为它们的蠕动而泛起涟漪。孑孓以腐烂树叶、有机碎屑和微生物为食。问题是，如果没有蚊子，别的滤食性动物是否会顶替上来。 “解决碎屑和腐质的生物还挺多，蚊子么，既谈不上只此一家，也不算是至关重要。” 朱利亚诺说道： “如果只从机翼上卸下一枚铆钉，飞机不太可能就会掉下来。”
蚊子消失的效应也许取决于具体讨论的是哪一种水体。北美东海岸的猪笼草( Sarracenia purpurea )的“笼子” 里，通常有一个容积为25 - 100 毫升的迷你水塘，在这个紧密的小群落里，孑孓是重要的成员。生活在那里的昆虫只有北美瓶草蚊( Wyeomyia smithii )和瓶草摇蚊( Metriocnemus knabi )，同居者是诸如轮虫、细菌和原生动物之类的微小生物。当其他昆虫淹死在水中时，摇蚊会嚼碎它们的尸体，瓶草蚊孑孓则以残渣为食，同时为植物提供氮素等营养物质。这种情况下，消灭蚊子就有可能会影响到植物的生长。
现就职于加拿大阿尔伯塔省卡尔加里大学的生态学家、约翰阿迪科特(John Addicott)，在1974 年发表了一项对猪笼草内捕食者- 猎物结构的研究。结果表明，孑孓存在时，原生动物的多样性更高。研究提出，孑孓捕食的同时控制了原生动物中优势种的数量，故而使其他种类得以生存。而这对植物的更广泛影响还不甚明了。
如果蚊子确实有提供“生态系统服务”(即人类从大自然中的获益)，这将为保留蚊子提供更有力的论据。迪娜丰塞卡(Dina Fonseca)是新泽西州罗格斯大学新布朗斯维克分校的进化生态学家，她用蠓科几种会叮人的小虫子，也就是平时说的“蠓蠓蚊” 做了个类比，来解释这一点： “那些被蠓叮咬的人，或是经由叮咬而导致病毒、原生动物及丝虫感染的人，会非常愿意灭掉这些小虫子。”但是，鉴于有几种蠓是可可树等热带作物的传粉者， “消灭它们可能造成一个没有巧克力的世界。”
