洪宣娇在太平军中的主要事迹是管理“女营”。太平军起义之初准许大家携带家眷随营行动。为了便于管理和行动,在洪宣娇的建议下,全部女眷被集中起来,建立了“女营”。洪宣娇任统领。到南京定都后,战争暂时停歇,于是将“女营”改为“女馆”,依然由洪宣娇负责。
这一时期,洪宣娇遭遇了重大的政治打击,开始沉寂下来。据说,洪宣娇年少的时候曾经患病卧床不起,病得迷迷糊糊之间仿佛见到一位老人在召唤她,对她说:“十年以后,将会有一个人从东方来,教你如何拜上帝,你当真心顺从。”洪秀全发动太平天运动后,洪宣娇认定自己病中见到的就是上帝,自己有和上帝直接交谈的能力。当时太平天国中只有两个人有这样的能力。
一个是天王洪秀全本人,可以“升天”;一个是东王杨秀清,可以传递天父天兄的命令。洪宣娇想成为第三个,因此也模仿洪秀全的办法,升天了一回。谁想,洪宣娇这么做打破了太平天国的政治格局,天王洪秀全和东王杨秀清都不承认洪宣娇有这样的能力。杨秀清借“天父下凡”狠狠地责打了她六十大板,天王还专门责骂洪宣娇“不遵天令乱言题”。从此,洪宣娇在政治上消极了许多,不像之前那么热情单纯了。
但是洪宣娇的政治能量还是存在的,她与天京事变的发生有重大的关系。杨秀清在太平天国发展前期功勋卓着,开始自恃功高,最后发生了“逼封万岁”的事件。洪宣娇当时就说服哥哥洪秀全除掉杨秀清。起初洪秀全不忍下手,说:“朕与他都是同生共死、患难与共的好兄弟,怎么能忍心下手?”洪宣娇则说:“如果天主一人不忍心,那么天国内人人都要忍受杨秀清的跋扈。”洪秀全这才有些心动,密召韦昌辉回天京,诛杀杨秀清,烧毁东王府。