淮西之战后，高宗加紧了削夺武将兵权的活动。由于南宋建立以来，他不得不倚重武将外抗金兵，内平游寇，结果造成武将势力崛起，对皇权构成了潜在的威胁。因此，绍兴十一年四月，高宗将张俊、韩世忠和岳飞召到临安，任命张俊、韩世忠为枢密使，岳飞为副使，名为升官，实际是夺去了三大将的兵权，三将所辖军队从此直接听命于皇帝。
接着，高宗和秦桧将迫害的矛头直指岳飞。七月，秦桧死党万俟卨(mòｑíｘiè）秉承上意，上章弹劾岳飞，他抓住岳飞曾经擅离职守、私上庐山以及没有及时应援淮西等事，大做文章，并把张俊撤除淮东防务的事情栽赃到岳飞头上。岳飞意识到自己处境险恶，上书辞职，恳求高宗“保全于始终”，能放过自己，但高宗对岳飞的厌恶由来已久，根本不打算手下留情。
仅凭上面的几条“罪状”，尚不足以置岳飞于死地，秦桧又指使张俊胁迫岳飞部下王贵、王俊，诬告岳飞爱将张宪密谋要挟朝廷还兵给岳飞，串通谋反。张宪被押送大理寺审讯，严刑逼供之下，张宪仍然不肯屈招。好不容易等来了除掉岳飞的机会，高宗怎能因证据不足就轻易放过？他决定让大理寺审理岳飞一案。十月，岳飞、岳云父子被投入大理寺狱中，御史中丞何铸与大理卿周三畏奉诏审讯。何铸反复讯问，实在得不到任何岳飞谋反的证据，在审讯时，又看到岳飞背部刺的“尽忠报国”四字，深知岳飞的忠心与清白，便向秦桧力辩其冤。秦桧抬出高宗来，明确告诉他：“此上意也。”也就是高宗要置岳飞于死地。何铸愤然道：“我岂是为区区一个岳飞的性命，强敌未灭，无缘无故诛杀一员大将，势必失去军心，决非社稷长久之计！”何铸既然对岳飞下不了毒手，秦桧便奏请高宗，改命万俟卨为御史中丞，锻铸冤狱。岳飞身受酷刑折磨，知道自己根本没有申辩的机会，他在狱中悲愤地写下“天日昭昭！天日昭昭！”八个大字，向高宗和秦桧发出了最后的抗议。
